Siedzibą Oddziału jest wzniesiony przez Huberta Antoniego Krasińskiego (w latach 1883-1884) według projektu Leonarda Marconiego pałacyk w stylu włoskim (kopia warszawskiej siedziby Krasińskiego).
W 1894 roku pałacyk został zakupiony przez Emeryka Hutten-Czapskiego (1828-1896), wybitnego kolekcjonera, twórcę znakomitego zbioru polskich monet i medali, bibliofila, zbieracza grafiki i dzieł  sztuki rzemiosła artystycznego oraz pamiątek polskich.
W otoczonym ogrodami przebudowanym pałacyku i zrealizowanym według projektu Tadeusza Stryjeńskiego pawilonie muzealno-bibliotecznym, w zaprojektowanych przez założyciela gablotach znalazły miejsce zbiory przywiezione ze Stańkowa.
Po śmierci Emeryka Hutten-Czapskiego, zgodnie z Jego wolą, utworzono tu początkowo samodzielne Muzeum, które w 1903 roku przekazane zostało wraz ze zbiorami Gminie m. Krakowa dla  Muzeum Narodowego w Krakowie.
Misja  znakomitej kolekcji  oraz jej znaczenie dla polskiej kultury i historii odzwierciedla się w inskrypcji umieszczonej na frontonie pawilonu: Monumentis Patriae naufragio ereptis (Pamiątkom ojczystym ocalonym z zagłady).
W najbliższych latach, po remoncie generalnym, w pałacyku i pawilonie zostanie urządzona stała ekspozycja. Publiczność będzie mogła podziwiać kolekcje numizmatów: pełną reprezentację monet polskich, banknoty, monety antyczne i medale.
Nowocześnie zaprojektowany i wyposażony Gabinet Numizmatyczny  wzbogaci się o specjalistyczną czytelnię i pokój kwerend dostępne dla numizmatyków, kolekcjonerów i studentów.
Na pierwszym piętrze wystawione zostaną starodruki i rękopisy z kolekcji Emeryka Hutten-Czapskiego. Osobie wielkiego zbieracza pamiątek ojczystych poświęcona będzie osobna ekspozycja.
Przewidziano także salę dedykowaną malarzowi i intelektualiście Józefowi Czapskiemu oraz innym darczyńcom z rodziny Czapskich.

W sąsiedniej kamienicy (przy ul. Marszałka J. Piłsudskiego 14), podarowanej Muzeum Narodowemu w 1967 roku przez rodzinę prof. UJ Władysława Łozińskiego, dobiegają końca prace remontowe. W budynku tym umieszczone zostanie Archiwum, Dział Starych Druków i Rękopisów, a także Pracownia Konserwacji Papieru i Skóry i Introligatornia oraz Laboratorium Analiz i Nieniszczących Badań Obiektów Zabytkowych. Dla potrzeb tych działów projektowana jest też obecnie zmodernizowana i rozbudowana oficyna.
Odnowione zostaną  dziedzińce i ogrody okalające posesje, a także lapidarium, w którym złożone zostały fragmenty kamiennych rzeźb z kościołów i kamienic krakowskich zebrane podczas prac archeologicznych i remontowych prowadzonych m.in. wokół kościoła Mariackiego pod koniec XIX wieku.